تتلمذ الامام الخوئي (قده) على كوكبة من أكابر علماء الفقه والاصول، ومراجع الدين العظام في بحوث الخارج، ومن أشهر أساتذته البارزين:
آية الله الشيخ فتح الله المعروف بشيخ الشريعة، المتوفى سنة ١٣٣٩هـ.
آية الله الشيخ مهدي المازندراني، المتوفى سنة ١٣٤٢هـ.
آية الله الشيخ ضياء الدين العراقي، ١٢٧٨ - ١٣٦١هـ.
آيه الله الشيخ محمد حسين الغروي، ١٢٩٦ - ١٣٦١هـ.
آية الله الشيخ محمد حسين النائيني، ١٢٧٣ - ١٣٥٥هـ، الذي كان آخر أساتذته.

كما حضر قدس سره، ولفترات محددة عند كل من:
آية الله السيد حسين البادكوبه اي، ١٢٩٣ - ١٣٥٨هـ، في الحكمة والفلسفة.
آية الله الشيخ محمد جواد البلاغي، ١٢٨٢ - ١٣٥٢هـ، في علم الكلام والتفسير.
آية الله السيد ميرزا علي آقا القاضي، ١٢٨٥ - ١٣٦٦هـ، في الاخلاق و السير والسلوك والعرفان.

وقد نال درجة الاجتهاد في فترة مبكرة من عمره الشريف، وشغل منبر الدرس لفترة تمتد الى أكثر من سبعين عاماً، ولذا لقب بـ "أستاذ العلماء والمجتهدين".

وله إجازة في الحديث يرويها عن شيـخه النائيني عن طريق خاتمة المحدثين النوري، المذكور في آخر كتاب "مستدرك الوسائل" لكتب الامامية، وأهمها الكافي، ومن لا يحضره الفقيه، والتهذيب، والاستبصار، ووسائل الشيعة، وبحار الانوار، والوافي.كما وله إجازة بالرواية عن طرق العامة، عن العلامة الشهير السيد عبد الحسين شرف الدين العاملي قدس سره، المتوفى سنة ١٣٧٧هـ.